W 1996 roku na komputerowej scenie pojawiła się słynna pani archeolog czyli Lara Croft, która mocno zachwiała pozycją Indiany jako naczelnego popkulturowego poszukiwacza przygód. Za jego wielki powrót na ekrany komputerów zabrał się Hal Barwood wcześniej odpowiedzialny za Fate of Atlantis. W Lucasarts rozpoczęto tworzenie autorskiego silnika 3D zdolnego uciągnąć kolejną wielką przygodę. Nowa gra nazywała się The Infernal Machine, a jej akcję umieszczono w 1947 roku w związku z czym etatowi przeciwnicy Indiany czyli naziści odeszli w zapomnienie. Tym razem to Rosjanie pragnęli zdobyć władzę nad światem korzystając z potężnego urządzenia starożytnej cywilizacji dzięki któremu mogli wpływać na zmianę czasu i przestrzeni. Indiana ponownie połączył siły z Sophią Hapgood i zwiedzał kawałek egzotycznego świata ( Filipiny, Kazachstan, Sudan ) depcząc po piętach Sowietom. W momencie premiery (1999) gra kusiła dobrą oprawą graficzno-muzyczną i wreszcie można było zobaczyć kultowego archeologa w pełnym 3D. Pomiędzy etapy wrzucono przerywniki oparte na silniku gry z mówionymi kwestiami co miało dawać poczucie uczestnictwa w kolejnej filmowej przygodzie Indiany. Kłopoty sprawiała za to mechanika ponieważ wszelkie podróżowanie po platformach wymagało doskonałego wyczucia i precyzji, zupełnie jak w klasycznych grach 2D. Pierwotnie gra ukazała się na PCty i w tej wersji wygląda najlepiej. W konwersji na Nintendo 64 uproszczono modele 3D, a tekstury uległy pogorszeniu i miejscami przypominały rozmytą plamę.
